Санхүүгийн хэлтэс нь  сургуулийн санхүү, нягтлан бодох бүртгэлийн үйл ажиллагааг Монгол улсын хууль тогтоомж, нягтлан бодох бүртгэлийн олон улсын стандартын дагуу мөнгөн суурьт бүртгэлд үндэслэн бэлэн ба бэлэн бус мөнгөн гүйлгээ гарсан тухай бүрд бүртгэлд тусгаж холбогдох туслах дансанд бүртгэдэг. Мөн бараа материал, үнэ бүхий зүйл, үндсэн хөрөнгөнд улирал, жилийн хуваариар тооллого хийж холбогдох бүртгэлүүдийг тайлагнан бүртгэлд тусгадаг. Дээд боловсролын байгууллагын онцлогоос хамааран Санхүүгийн хэлтэс нь сургалтын аливаа үйл ажиллагааг тасралтгүй явуулахад туслах зорилго бүхий орлого бүрдүүлэлт, зарцуулалтын хуваарилалтыг зохицуулдаг болно.

Санхүүгийн үйл ажиллагааны менежментийг боловсронгуй болгох зорилгоор Төлөвлөлт, дотоор хяналтын албатай хамтран тайлант жилийн төсвийг тэнхим, албад, хэлтэс зэрэг анхан шатны нэгжээс санал аван нэгтгэж Удирдах зөвлөлийн хурлаар хэлэлцүүлэн батлуулж хамт олонд мэдээлэн танилцуулдаг. Сар бүр бэлтгэн нийлүүлэгч байгууллагатай хийсэн гүйлгээндээ туслах данс нээж гарсан, орсон гүйлгээг анхан шатны бүртгэлээр баталгаажуулж бүртгэлд тусгаж, өр авлага үүссэн тохиолдолд цаг алдалгүй шуурхай барагдуулах арга хэмжээ авдаг ба улирал, жилийн тайлан тэнцлийг хугацаанд нь гаргаж дээд байгууллагад тушаадаг.

Мөн санхүүгийн үйл ажиллагаа, баримтын бүрдэлтэд дотоодын хяналтыг үе үе хийж гарсан зөрчлийг тухай бүрд нь барагдуулах талаар хэлтсийн хурлаар ярьж шийдвэрлэдэг болно. Татварын алба, нийгмийн даатгалын байгууллагатай хийх тооцоог сар бүр хийж өр, авлага үүсгэхгүй байх талаар байнга анхааран ажилладаг.

Санхүүгийн хэлтсийн үнэт зүйл

• Үнэнч шударга байдал
• Бүтээлч байдал
• Хариуцлагатай байдал
• Хүндэтгэлтэй байдал болно.

Санхүүгийн албаны чиг үүрэгт:

• Сургуулийн орлого бүрдүүлэлтийг хангах /үүнд: бакалавр, магистр, докторын сургалтын төлбөр, кредитийн орлого, сургалтын төвийн орлого, заал, анги тэнхимийн түрээс, сурах бичгийн орлого гэх мэт/
• Төлбөр тооцоо, орлого зарлагын өдөр тутмын гүйлгээг хийх
• Сургуулийн нийт төсвийг төсөвлөх, зардал болон хөрөнгийн хяналт хийх
• Нягтлан бодох бүртгэлийн тухай хуулийн дагуу холбогдох дансанд бүртгэх, тайлагнах
• Татвар, санхүүгийн тайланг цаг тухай бүрд хуулийн дагуу гаргаж тайлагнах
• Статистикийн сар улирал жилийн мэдээг гаргаж холбогдох газар хүргэх
• Сургуулийн өмч хөрөнгийн ашиглалт, хадгалалт, хамгаалалтын үр ашгийг дээшлүүлэх, өмч хөрөнгийн бүрэн бүтэн байдалд хяналт тавих

Мөн жил бүр Санхүү, нягтлан бодох бүртгэлийн ангийн оюутнуудад мэргэжлийн хичээлийн дадлагыг өөрийн сургууль дээрээ хийх боломжоор ханган ажилладаг.